Alla hjältar behöver skurkar. Framförallt när de är från yttre rymden. Doctor Who kämpar mot bland annat the Daleks. Daleks är en ras av utomjordingar som är muterad och har en ynkligt svag liten kropp som de gömmer i varsitt mekaniskt skal med stora krafter. Dalekarna gjorde entré redan i det andra äventyret i säsong ett av serien och återkommer sedan lite då och då under seriens gång. De ser Doctor Who som sin största fiende för att få det de vill, det vill säga ta över universum och utrota alla andra livsformer. Dalekarna och tidsherrarna slogs mot varandra i ett stort krig som kallades det stora tidskriget (the Great Time War). Båda raserna blev mer eller mindre tillintetgjorda av kriget men några av daleksen överlevde dock kriget, liksom doktorn, den siste tidsherren. En av dessa var dalekarnas kejsare som tillverkade en ny armé för att kunna fortsätta med sina planer. Dalekarna återkommer som sagt i serien vid ett flertal tillfällen. Doctor Who har förstört deras planer så många gånger att de hatar honom och på olika sätt återkommer de gång på gång för att försöka förinta honom. På senare år har det tillverkats en armé av så kallade elitdaleker som ska fortsätta jobbet att förinta Doctor Who och ta över världen. Det kommer dock inte bli så lätt för Doctor Who har själv många styrkor och följeslagare och allierade som hjälper honom och dalekerna har lyckligtvis vissa svagheter i sina system.
